### Scipio v1.4 output # query file /tmp/NxNRKmClCdQg.fasta # target file /genomes/genomes_ncbi/Drosophila_melanogaster_v4.1_chromosome.fasta # BLAT output /tmp/VsiAWJi2BpqM.psl # timestamp 2010-08-27 10:36:28 # parameters --show_exon=type,nucl_start,nucl_end,dna_start,dna_end,prot_start,prot_end,seqshifts,mismatchlist,translation,seq,undeterminedlist,overlap,inframe_stopcodons --exhaust_gap_size=21 --max_assemble_size=75000 --blat_score=15 --min_identity=90 --region_size=2000 --single_target_hits --accepted_intron_penalty=1.0 --min_score=0.3 --gap_to_close=6 --min_intron_len=22 --exhaust_align_size=500 --max_mismatch=7 --max_move_exon=2 --blat_identity=81 --min_coverage=60 # Timestamp Mon Sep 27 10:36:28 2010 --- Protein: - unmatched: 0 matchings: - overlap: number: 1 prot_start: 0 mismatchlist: [] nucl_end: 61 prot_end: 20 type: exon dna_start: -3265099 translation: MNMPNERLKWLMLFAAVALI seqshifts: [] contig: 1 nucl_start: 0 undeterminedlist: [] seq: 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