### Scipio v1.3 output # query file /tmp/w3PCbb2KA1Ka.fasta # target file /genomes/genomes_ncbi/Bombyx_mori_str__Dazao_v1_supercontigs.fasta # BLAT output /tmp/XXPrwJPNrx6X.psl # Timestamp Tue Jun 8 15:39:14 2010 --- Protein: - matchings: - overlap: mismatchlist: [] prot_start: 0 nucl_end: 126 prot_end: 42 translation: MEHSLQHRERVGVQDFVLLEDYRSEAAFIDNLKKRFHENIIY dna_start: 18633 type: exon seqshifts: [] undeterminedlist: [] nucl_start: 0 seq: atggagcactccctgcagcatcgcgagcgggtcggagtccaagacttcgttttgctggaggactaccgatccgaagcggccttcattgacaatttgaagaaacgtttccatgaaaacattatttat inframe_stopcodons: [] dna_end: 18759 - dna_start: 18759 type: intron nucl_start: 126 seq: 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